Vasárnap magyar idő szerint reggel 7-kor rajtol el a királykategóriás futam Motegiben. A rajtrácson ezúttal lesz változás az időmérő végeredményéhez, illetve a sprint rajtrácsához képest, hiszen Jorge Martín az első kanyarban elszenvedett bukásának következtében megsérült, így a tizennyolcadik helytől kezdve mindenki eggyel előrébb jön a sorban.
Martín negyedik 2025-ös sérülését szenvedte el, kihagyja a Japán Nagydíj főfutamát
| 1. sor | 1. | 2. | 3. | |||
| Francesco Bagnaia | Joan Mir | Marc Márquez | ||||
| 2. sor | 4. | 5. | 6. | |||
| Pedro Acosta | Fabio Quartararo | Franco Morbidelli | ||||
| 3. sor | 7. | 8. | 9. | |||
| Luca Marini | Álex Márquez | Marco Bezzecchi | ||||
| 4. sor | 10. | 11. | 12. | |||
| Raúl Fernández | Johann zarco | Fabio Di Giannantonio | ||||
| 5. sor | 13. | 14. | 15. | |||
| Ai Ogura | Jack Miller | Fermín Aldeguer | ||||
| 6. sor | 16. | 17. | 18. | |||
| Miguel Oliveira | Brad Binder | Álex Rins | ||||
| 7. sor | 19. | 20. | 21. | |||
| Takaaki Nakagami | Enea Bastianini | Somkiat Chantra | ||||
| 8. sor | 22. | |||||
| Maverick Viñales | ||||||